Coğrafi Keşifler, Müslüman ülkeler açısından büyük zararlara neden olmuştur. İslam ülkeleri yoksullaşmış, Türkistan Hanlıkları giderek zayıflamış ve Ruslar karşısında gerilemiştir. Osmanlı İmparatorluğu, İpek ve Baharat Yollarına hâkim olmasına rağmen yolların değişmesinden dolayı umduklarına ulaşamamıştır. Osmanlı İmparatorluğu, ticaret faaliyetlerini yeniden geliştirebilmek için Avrupalı devletlere kapitülasyonlar vermek zorunda kaldı.

Coğrafi Keşiflerin etkisi bununla da kalmamış yeni keşfedilen yerlerden Avrupa ya taşınan değerli madenler ve Avrupa devletlerinin izlediği Merkantalist politikalar,16. Yy da Osmanlı ülkesinde büyük bir fiyat artışına (Enflasyon-Fiyat Devrimi) neden olmuştur. Ayrıca Osmanlı topraklarında kervan yolları boyunca faaliyet gösteren halk ve zanaatkârlar işsiz kaldı. Bu durum, Osmanlı Devleti'nde ekonomik sıkıntılara ve Celali İsyanları'na zemin hazırlamıştır.

Osmanlı Devleti, Hint ticaret yolunun hakimiyeti için Portekizlilerle, Akdeniz hakimiyeti için de İspanyollarla mücadele etti. Endonezya'da savunma ve koruma savaşları yapan Osmanlı Devleti, Hristiyan Avrupa karşısında Doğu Kalkanı haline gelmiştir.

Hint Deniz Seferlerinin Osmanlı Devleti'ne Etkisi.

Coğrafi keşiflerden sonra sömürge arayışları başlamış, Portekiz ve İspanya pek çok sömürge elde etmişlerdi. Portekizliler Kızıldeniz ve Hint ticaret yollarına hâkim olmaya çalışıyorlardı. Ümit Burnunun bulunması, Osmanlıların baharat ticaretine de büyük darbe vurmuştu. Kanûnî Sultan Süleyman döneminde bu sebeplerden ötürü, dört kez Hint deniz seferi düzenlendi. Ancak Osmanlı donanmasının okyanus şartlarına uygun olmaması yüzünden bu seferlerden hiçbirisinde tam başarı sağlanamadı.

1551 yılında düzenlenen İkinci Hint Seferinde Osmanlı donanmasının başında Piri Reis vardı. Türk Denizcilik tarihinde önemli bir yere sahip olan Piri Reis, bu sefer sırasında Maskat'ı almış ve Portekiz donanmasını büyük bir bozguna uğratmıştı. Ancak, Portekizlilerin Basra Körfezini kapatacaklarını düşünerek, donanmayı Basra'da bırakıp ganimetlerle geri döndüğü için Piri Reis Mısır'da idam edilmiştir. Ancak yine de Yemen, Eritre, Sudan sahilleri ve Habeşistan'ın bazı kısımları Osmanlı topraklarına katıldı. Arap yarımadası tamamen Osmanlı denetimine girdi. Kızıldeniz yabancı güçlere kapatılarak Osmanlı egemenliği sağlandı.